与2004年版《药品目录》相比，新版《药品目录》主要有五个方面的变化，对于市民来说，最大的影响就是能报销的药更多了。

变化包括：一是把《国家基本药物目录》的药品，全部纳入《药品目录》甲类部分。按照规定，甲类目录的药品参保人员不设个人自付比例且各地不得进行调整，保证了国家基本药物的报销比例高于非基本药物。

二是适当增加了新药品种。与2004年版药品目录相比，新版《药品目录》共增加了260个药品。

三是对原目录中部分可以被更好的药物替代或无人使用的药品予以调出，使药品目录的结构更趋合理。

四是加强对医疗机构用药的管理。明确每一最小分类下的同类药品不得叠加使用，对部分易滥用的药品在支付范围上进行了限定。

五是对目录外的临床紧急抢救和特殊疾病治疗必需的药品，要求各地要建立定点医疗机构申报制度并明确相应的审核管理办法，保证参保患者的治疗需要。